Glossaire

247 termes de génétique, de biologie moléculaire et d'instrumentation.

A

A260: Absorbance à 260 nm, maximale pour les acides nucléiques ; A260 = 1 ↔ 50 ng/µL d’ADN double brin (trajet 10 mm).; Quantification au NanoDrop
Absorbance: Grandeur sans unité, A = log₁₀(I₀ / I), qui mesure la lumière absorbée par un échantillon. Selon la loi de Beer-Lambert, elle est proportionnelle à la concentration.; NanoDrop Spectro DO600
Acide aminé: Monomère des protéines ; 20 types codés par les codons.; Réplication, transcription, traduction
Activité étoile: Coupure non spécifique d’une enzyme de restriction favorisée par un excès d’enzyme, trop de glycérol ou une longue incubation.; Enzymes de restriction
ADN: Acide désoxyribonucléique : polymère de nucléotides (bases A, T, G, C) portant l’information génétique, organisé en double hélice.; Structure de l'ADN De la cellule à l'ADN
ADN ligase: Enzyme formant une liaison phosphodiester entre un 5′-phosphate et un 3′-OH ; la ligase T4 est utilisée en clonage.; Clonage dans pUC19
ADN polymérase: Enzyme qui synthétise l’ADN de 5′ vers 3′ à partir d’une amorce ; certaines relisent (exonucléase 3′→5′).; Réplication, transcription, traduction PCR
Agarose: Polysaccharide extrait d’algues rouges, dissous à chaud dans un tampon et qui gélifie en refroidissant. Sa concentration fixe la taille des mailles du gel.; Préparation du gel Électrophorèse sur gel d'agarose
Agent intercalant: Molécule fluorescente qui s’insère entre les bases de l’ADN double brin (bromure d’éthidium, SYBR Safe) et le rend visible sous UV ou lumière bleue.; Transilluminateur Préparation du gel
Alignement de séquences: Mise en correspondance position par position de deux séquences, avec des gaps, pour mesurer leur ressemblance.; Alignement de séquences
Aliquot: Petite portion d’un réactif répartie dans un tube séparé, destinée à un usage unique. Aliquoter évite les cycles de congélation et décongélation et limite les contaminations.; Stockage
Allèle: Variante d’un gène ; un individu diploïde possède deux allèles par gène autosomique.; Génétique mendélienne
Amorce: Court oligonucléotide fournissant une extrémité 3′-OH pour démarrer la synthèse d’ADN (ARN in vivo, ADN en PCR).; PCR
Ampicilline: Antibiotique β-lactame ; le gène bla (β-lactamase) du plasmide confère la résistance et permet la sélection.; Clonage dans pUC19
Anode: Électrode positive (fil rouge) de la cuve d’électrophorèse, vers laquelle migre l’ADN, chargé négativement.; Électrophorèse
Anticodon: Triplet d’un ARNt complémentaire d’un codon de l’ARNm.; Réplication, transcription, traduction
Antiparallèle: Disposition des deux brins de l’ADN : l’un orienté 5′→3′, l’autre 3′→5′ en vis-à-vis.; Structure de l'ADN
Appariement complémentaire: Règle d’association des bases : A avec T (2 liaisons hydrogène) et G avec C (3 liaisons hydrogène).; Structure de l'ADN
Arc électrique: Décharge brutale à travers une cuve d’électroporation trop conductrice (présence de sels) : les cellules sont tuées et l’ADN perdu.; Électroporateur
ARN: Acide ribonucléique : polymère de nucléotides à ribose, avec l’uracile (U) à la place de la thymine ; messager, de transfert, ribosomique, régulateur.; Réplication, transcription, traduction
ARN de transfert (ARNt): ARN adaptateur qui apporte un acide aminé et reconnaît un codon par son anticodon.; Réplication, transcription, traduction
ARN guide (sgRNA): ARN unique de ≈ 100 nt : 20 nt d’espaceur ciblant l’ADN et un échafaudage reconnu par Cas9.; Mécanisme de CRISPR-Cas9 Concevoir un ARN guide
ARN messager (ARNm): ARN codant qui porte l’information d’un gène jusqu’au ribosome ; maturé chez les eucaryotes (coiffe, épissage, poly(A)).; Réplication, transcription, traduction
ARN polymérase: Enzyme qui synthétise l’ARN à partir d’une matrice d’ADN, sans amorce, de 5′ vers 3′.; Réplication, transcription, traduction
Asepsie: Ensemble des gestes qui empêchent l’introduction de micro-organismes dans une culture : zone stérile, matériel stérile, ouvertures brèves.; Zone stérile Règles de sécurité au laboratoire
Assortiment indépendant: Seconde loi de Mendel : les allèles de gènes différents (non liés) se répartissent indépendamment dans les gamètes.; Génétique mendélienne
Autoclavage: Stérilisation par vapeur d’eau saturée sous pression, classiquement 121 °C pendant au moins 15 min, qui détruit toutes les formes de vie, spores comprises.; Autoclave Règles de sécurité au laboratoire
Autoclave: Enceinte stérilisant par vapeur sous pression (≈ 121 °C, 1 bar, 15–20 min) le matériel, les milieux et les déchets biologiques.; Règles de sécurité au laboratoire

B

Base azotée: Molécule cyclique portant l’information : purines (adénine A, guanine G) et pyrimidines (cytosine C, thymine T, uracile U dans l’ARN).; Structure de l'ADN
Blanc: Mesure de référence faite avec le solvant ou le milieu seul (sans l’analyte), que l’appareil soustrait des mesures suivantes.; NanoDrop Spectro DO600
BLAST: Outil heuristique rapide de recherche de similarité dans une base de séquences ; fournit une E-value.; Alignement de séquences
Boucle R: Structure à trois brins formée quand le guide s’apparie au brin ciblé, déplaçant le brin non ciblé.; Mécanisme de CRISPR-Cas9
Bras d’homologie: Régions de la matrice identiques aux séquences entourant la coupure, qui guident l’HDR (≈ 30–60 nt pour un ssODN).; Réparation : NHEJ et HDR
Bromure d’éthidium (BET): Colorant intercalant fluorescent sous UV, mutagène suspecté ; manipulation en zone dédiée.; Électrophorèse sur gel d'agarose Règles de sécurité au laboratoire

C

Cadre de lecture: Découpage d’une séquence en codons à partir d’un point de départ donné ; six cadres possibles sur un ADN double brin.; Navigateur de séquence
Carte de restriction: Schéma des sites de coupure sur une molécule ; n coupures donnent n fragments (cercle) ou n+1 (linéaire).; Enzymes de restriction
Cas9: Nucléase guidée par ARN (SpCas9) qui coupe l’ADN double brin 3 pb en amont d’un PAM NGG.; Mécanisme de CRISPR-Cas9
Cassure double brin: Rupture des deux brins de l’ADN produite par Cas9 ; réparée par NHEJ ou HDR, létale sans réparation chez E. coli.; Réparation : NHEJ et HDR
Cathode: Électrode négative (fil noir) de la cuve d’électrophorèse. Les puits du gel sont placés de son côté.; Électrophorèse
CDS: Séquence codante annotée d’un gène (coding sequence) ; une CDS de N pb code N/3 − 1 acides aminés (hors stop).; Formats FASTA et GenBank
Cellule: Unité de base du vivant, procaryote (sans noyau) ou eucaryote (avec noyau et organites).; De la cellule à l'ADN
Cellule compétente: Bactérie préparée (CaCl₂ ou électrocompétente) pour accepter de l’ADN exogène.; Clonage dans pUC19
Cellules électrocompétentes: Bactéries lavées pour éliminer presque tous les ions et conservées dans du glycérol à 10 %, prêtes pour l’électroporation.; Électroporateur Clonage dans pUC19
Centrifugation: Séparation par force centrifuge (en × g) ; concentre culots et précipités au fond du tube.; Extraction d'ADN Culture et miniprep
Centromère: Région du chromosome où se rejoignent les chromatides sœurs et où s’attache le fuseau lors de la division.; De la cellule à l'ADN
Choc thermique: Passage bref de bactéries chimiocompétentes de la glace à 42 °C (30 s exactement selon NEB, 30 à 45 s selon d’autres protocoles), puis retour dans la glace, pour faire entrer un plasmide. La durée est critique.; Bloc chauffant Clonage dans pUC19
Chromatine: Complexe d’ADN et de protéines (histones) ; se condense en chromosomes lors de la division.; De la cellule à l'ADN
Chromatogramme: Tracé des quatre couleurs de fluorescence d’un séquençage Sanger ; un pic par base.; Séquençage Sanger
Chromosome: Molécule d’ADN associée à des protéines ; linéaire chez les eucaryotes, souvent circulaire chez les bactéries.; De la cellule à l'ADN
Cisaillement: Contrainte mécanique exercée par un liquide en écoulement rapide, qui étire et casse les très longues molécules comme l’ADN génomique (vortex, pipetage vigoureux).; Vortex Extraction d'ADN
Clonage: Insertion d’un fragment d’ADN dans un vecteur, multiplié ensuite par des bactéries en copies identiques.; Clonage dans pUC19
Code génétique: Correspondance entre les 64 codons et les 20 acides aminés (plus les stops) ; redondant, non ambigu, quasi universel.; Réplication, transcription, traduction
Code IUPAC: Lettres pour les bases dégénérées : N (toutes), R (A/G), Y (C/T), W (A/T), S (G/C)…; Navigateur de séquence
Codon: Triplet de nucléotides de l’ARNm codant un acide aminé ou un signal stop.; Réplication, transcription, traduction
Codon start: Codon AUG initiant la traduction et codant la méthionine.; Réplication, transcription, traduction Navigateur de séquence
Codon stop: Codon de terminaison (UAA, UAG, UGA) qui ne code aucun acide aminé et libère la protéine.; Réplication, transcription, traduction Navigateur de séquence
Colonie satellite: Petite colonie sans plasmide poussant autour d’une colonie résistante quand la β-lactamase a dégradé l’ampicilline locale.; Clonage dans pUC19
Complémentaire inverse: Séquence du brin opposé lue de 5′ vers 3′ : on complémente chaque base puis on inverse l’ordre.; Structure de l'ADN Navigateur de séquence
Cône: Embout jetable en plastique fixé sur la micropipette. Lui seul touche le liquide ; on le change entre chaque réactif ou échantillon pour éviter la contamination croisée.; Micropipettes Paillasse et micropipettes
Confinement (BSL): Niveau de sécurité biologique (L1 à L4) selon la dangerosité des micro-organismes ; E. coli K-12 et levure sont de niveau 1.; Règles de sécurité au laboratoire
Constante de temps: Durée caractéristique de la décharge d’un électroporateur, τ = R × C (environ 5 ms avec 200 Ω et 25 µF). Une valeur très courte révèle un échantillon trop salé.; Électroporateur
Contamination croisée: Transfert involontaire de matériel (ADN, cellules) d’un échantillon à un autre, par exemple en réutilisant un cône. En PCR, quelques molécules suffisent à fausser un résultat.; Micropipettes PCR
Courbe de croissance: Évolution d’une population bactérienne : phases de latence, exponentielle, stationnaire et de déclin ; N(t) = N₀·2^(t/g).; Culture et miniprep
Courbe de fusion: Mesure de la fluorescence lors d’une montée en température ; un pic de −dF/dT par produit, à sa Tm.; PCR quantitative
Couvercle chauffant: Couvercle du thermocycleur maintenu vers 105 °C, au-dessus de la température des tubes, pour empêcher l’évaporation et la condensation sous les bouchons.; Thermocycleur PCR
Criblage bleu/blanc: Sélection des recombinants : l’insert interrompt lacZα, les colonies restent blanches (sans X-gal clivé), les vecteurs vides sont bleus.; Clonage dans pUC19
CRISPR: Répétitions d’ADN bactérien espacées de séquences virales ; mémoire d’une immunité adaptative, détournée en outil d’édition.; Mécanisme de CRISPR-Cas9
Croisement test: Croisement avec un homozygote récessif pour révéler le génotype d’un individu dominant (1:1 s’il est hétérozygote).; Génétique mendélienne
Ct (Cq): Cycle où la fluorescence franchit le seuil ; plus il y a de cibles au départ, plus le Ct est petit.; PCR quantitative
Ct (cycle seuil): Numéro du cycle de qPCR auquel la fluorescence d’un puits franchit le seuil. Plus le Ct est bas, plus la matrice était abondante ; à efficacité de 100 %, 1 Ct d’écart correspond à un facteur 2.; PCR quantitative
Culot: Matière sédimentée au fond du tube après centrifugation (cellules, ADN précipité) ; le surnageant est au-dessus.; Extraction d'ADN

D

DASRI: Déchets d’activités de soins à risques infectieux : filière des déchets biologiques du laboratoire.; Règles de sécurité au laboratoire
ddNTP: Didésoxynucléotide sans 3′-OH : son incorporation arrête l’élongation (terminateur de chaîne).; Séquençage Sanger
Décalage du cadre de lecture: Effet d’un indel non multiple de 3 : tous les codons en aval changent, avec un stop prématuré fréquent.; Mutations Réparation : NHEJ et HDR
Dénaturation: Séparation des deux brins de l’ADN, par la chaleur ou un pH élevé ; l’absorbance à 260 nm augmente (effet hyperchrome).; Structure de l'ADN PCR
DH5α: Souche de laboratoire d’E. coli K-12 (recA1, endA1, lacZΔM15) adaptée au clonage et au criblage bleu/blanc.; Clonage dans pUC19
Didésoxynucléotide (ddNTP): Nucléotide dépourvu du groupement 3'-OH : une fois incorporé, il arrête l’élongation. Base de la méthode de Sanger, chaque ddNTP portant un fluorophore de couleur différente.; Séquenceur Séquençage Sanger
Dimère d’amorces: Produit court d’une PCR formé par appariement des amorces entre elles, surtout par leurs extrémités 3′.; PCR PCR quantitative
Dimère de thymine: Lésion de l’ADN causée par les UV : deux thymines voisines se lient de façon covalente. Elle bloque les polymérases et réduit l’efficacité du clonage.; Transilluminateur
Diploïde: Possédant deux jeux de chromosomes (2n) ; les cellules somatiques humaines ont 46 chromosomes.; De la cellule à l'ADN Génétique mendélienne
dNTP: Désoxyribonucléotides triphosphates (dATP, dCTP, dGTP, dTTP), substrats de la synthèse d’ADN.; PCR
DO600: Densité optique à 600 nm mesurant la turbidité d’une culture ; DO = 1 ≈ 8 × 10⁸ cellules d’E. coli/mL, linéaire jusqu’à ≈ 1.; Culture et miniprep
Dogme central: Principe du flux d’information : ADN → ARN → protéine (la séquence ne revient pas de la protéine vers les acides nucléiques).; Réplication, transcription, traduction
Domaine HNH: Domaine nucléase de Cas9 coupant le brin ciblé (complémentaire du guide).; Mécanisme de CRISPR-Cas9
Domaine RuvC: Domaine nucléase de Cas9 coupant le brin non ciblé (celui qui porte le PAM).; Mécanisme de CRISPR-Cas9
Dominant: Allèle qui s’exprime dans le phénotype dès qu’il est présent, même à l’état hétérozygote.; Génétique mendélienne
Double hélice: Structure de l’ADN : deux brins antiparallèles enroulés en hélice droite ; forme B de ≈ 2 nm de diamètre, 0,34 nm par pb, ≈ 10,5 pb par tour.; Structure de l'ADN
Double pic: Deux pics superposés à une position d’un chromatogramme : hétérozygotie ou mélange d’allèles.; Séquençage Sanger Génotyper les clones

E

Échiquier de Punnett: Tableau croisant les gamètes des deux parents pour prédire les génotypes de la descendance.; Génétique mendélienne
Édition germinale: Modification du génome de gamètes ou d’embryons, transmissible à la descendance ; interdite dans la quasi-totalité des cadres légaux.; Éthique de l'édition du génome
Édition somatique: Modification du génome de cellules non reproductrices, non transmissible à la descendance (thérapies comme Casgevy).; Éthique de l'édition du génome
EDTA: Chélateur des ions divalents (Mg²⁺) ; inactive les DNases et stabilise l’ADN.; Extraction d'ADN
Efficacité (qPCR): E = 10^(−1/pente) − 1 ; pente de −3,32 ↔ 100 % ; acceptable entre 90 et 110 %.; PCR quantitative
Efficacité de transformation: Nombre de transformants obtenus par microgramme d’ADN étalé ; mesure la qualité des cellules compétentes.; Clonage dans pUC19
Électrophorèse: Séparation de molécules chargées dans un champ électrique ; l’ADN migre vers l’anode (+).; Électrophorèse sur gel d'agarose
Électroporation: Transfert d’ADN par une brève impulsion électrique qui perméabilise la membrane ; ADN à dessaler pour éviter un arc.; Clonage dans pUC19
Enzyme de restriction: Nucléase de type II coupant l’ADN à un site précis (souvent palindromique de 4 à 8 pb).; Enzymes de restriction
EPI: Équipements de protection individuelle : blouse, gants, lunettes, chaussures fermées, cheveux attachés.; Règles de sécurité au laboratoire
Épigénétique: Modifications héritables de l’expression des gènes sans changement de séquence (méthylation de l’ADN, marques des histones).; De la cellule à l'ADN
Épissage: Retrait des introns et jonction des exons lors de la maturation du pré-ARNm eucaryote.; Réplication, transcription, traduction
Équilibrage: Disposition de tubes de masses égales en positions opposées dans le rotor. Un rotor déséquilibré vibre et la centrifugeuse s’arrête.; Centrifugeuse
Étalonnage: Réglage d’un instrument à l’aide de références connues : solutions de pH 4, 7 et 10 pour un pH-mètre, pesées d’eau pour une micropipette.; pH-mètre Micropipettes
Eucaryote: Organisme dont les cellules ont un noyau et des organites (levures, plantes, animaux).; De la cellule à l'ADN
Exon: Portion d’un gène conservée dans l’ARNm mature.; Réplication, transcription, traduction Concevoir un ARN guide
Extrémité 5′ / 3′: Les deux bouts orientés d’un brin : 5′ porte un phosphate, 3′ un hydroxyle libre ; la synthèse se fait toujours de 5′ vers 3′.; Structure de l'ADN Réplication, transcription, traduction
Extrémité cohésive: Bout d’ADN simple brin sortant (5′ ou 3′) laissé par certaines enzymes ; s’apparie à un bout compatible lors du clonage.; Enzymes de restriction Clonage dans pUC19
Extrémité franche: Bout d’ADN coupé net sur les deux brins (par exemple SmaI, EcoRV) ; ligation moins efficace.; Enzymes de restriction

F

FASTA: Format texte minimal : en-tête « > » puis séquence brute, sans annotation ; multi-FASTA possible.; Formats FASTA et GenBank
FASTQ: Format du séquençage haut débit ajoutant un score Phred par base (quatre lignes par lecture).; Formats FASTA et GenBank Séquençage Sanger
Filtre HEPA: Filtre à air à très haute efficacité, qui retient plus de 99,97 % des particules de 0,3 µm. Il équipe les postes de sécurité microbiologique.; Zone stérile
Flux laminaire: Écoulement d’air filtré en couches parallèles, sans tourbillons, qui balaie le plan de travail d’un poste de sécurité microbiologique.; Zone stérile
Fragment d’Okazaki: Court segment synthétisé de façon discontinue sur le brin retardé lors de la réplication, puis soudé par la ligase.; Réplication, transcription, traduction

G

Gap: Trou (« - ») inséré dans un alignement pour compenser une insertion ou une délétion.; Alignement de séquences
Gel d’agarose: Tamis moléculaire pour séparer l’ADN par taille ; 1 % sépare ≈ 0,5–10 kb, 2 % ≈ 0,1–2 kb.; Électrophorèse sur gel d'agarose
GenBank: Format annoté : LOCUS, DEFINITION, ACCESSION/VERSION, FEATURES (positions, complement) et séquence (ORIGIN).; Formats FASTA et GenBank
Gène: Portion d’ADN transcrite en ARN ; chez les gènes codants, elle détermine une protéine.; Réplication, transcription, traduction
Gène de référence: Gène d’expression stable (GAPDH, ACTB…) servant à normaliser la qPCR ; dit « gène de ménage ».; PCR quantitative
Gène de résistance: Gène porté par un vecteur (bla/AmpR, kanamycine…) permettant de sélectionner les cellules transformées.; Clonage dans pUC19
Génome: Ensemble de l’ADN d’un organisme ; ≈ 3,1 Gpb par jeu haploïde chez l’humain, ≈ 4,6 Mpb chez E. coli.; De la cellule à l'ADN
Génotype: Combinaison d’allèles d’un individu pour un ou plusieurs gènes (par exemple Aa).; Génétique mendélienne
GFP: Protéine fluorescente verte d’Aequorea victoria (excitation ≈ 488 nm, émission ≈ 509 nm) ; rapporteur sans substrat.; Expérience complète : éteindre la GFP
Grand sillon: Rainure large de la double hélice où les protéines lisent la séquence des bases sans ouvrir l’ADN.; Structure de l'ADN Enzymes de restriction

H

Haploïde: Possédant un seul jeu de chromosomes (n) ; cas des gamètes et de la plupart des bactéries.; Génétique mendélienne De la cellule à l'ADN
HDR: Réparation dirigée par homologie : copie précise d’une matrice donneuse, active en phases S/G2, peu efficace (knock-in).; Réparation : NHEJ et HDR
Hétérozygote: Portant deux allèles différents pour un gène.; Génétique mendélienne
Histone: Protéine basique autour de laquelle s’enroule l’ADN eucaryote pour former les nucléosomes.; De la cellule à l'ADN
Homozygote: Portant deux allèles identiques pour un gène.; Génétique mendélienne
Hybridation: Réassociation de deux brins complémentaires pour former un duplex ; base de la PCR et des sondes.; PCR PCR quantitative

I

Inactivation thermique: Dénaturation irréversible d’une enzyme par la chaleur (par exemple 20 min à 65 °C pour EcoRI), pour arrêter une réaction avant l’étape suivante.; Bloc chauffant Enzymes de restriction
Indel: Insertion ou délétion de nucléotides ; décale le cadre de lecture si sa taille n’est pas multiple de 3.; Mutations Réparation : NHEJ et HDR
Intron: Portion d’un gène éliminée par épissage, absente de l’ARNm mature.; Réplication, transcription, traduction
IPTG: Analogue non métabolisable du lactose qui induit le promoteur lac (expression de lacZα) pour le criblage bleu/blanc.; Clonage dans pUC19

K

Knock-in: Insertion ou correction précise d’une séquence par HDR à l’aide d’une matrice.; Réparation : NHEJ et HDR
Knock-out: Inactivation d’un gène, généralement par décalage du cadre après NHEJ.; Réparation : NHEJ et HDR Expérience complète : éteindre la GFP

L

Liaison hydrogène: Interaction faible reliant les bases appariées : 2 entre A et T, 3 entre G et C ; assure la spécificité de l’appariement.; Structure de l'ADN
Liaison phosphodiester: Liaison covalente reliant le carbone 3′ d’un nucléotide au phosphate en 5′ du suivant ; forme le squelette sucre-phosphate.; Structure de l'ADN
Ligation: Soudure de fragments d’ADN par l’ADN ligase (T4) avec de l’ATP ; rapport molaire insert:vecteur souvent 3:1.; Clonage dans pUC19
Loi de ségrégation: Première loi de Mendel : les deux allèles d’un gène se séparent lors de la formation des gamètes.; Génétique mendélienne
Lyse: Rupture des membranes cellulaires pour libérer le contenu de la cellule (détergents, pH, enzymes).; Extraction d'ADN Culture et miniprep
Lyse alcaline: Méthode de miniprep exploitant la renaturation rapide du petit plasmide circulaire et la précipitation de l’ADN chromosomique.; Culture et miniprep

M

Marqueur de taille: Mélange de fragments d’ADN de tailles connues (ladder) servant à estimer la taille des bandes.; Électrophorèse sur gel d'agarose
Master mix: Mélange réactionnel commun préparé pour plusieurs réactions identiques (avec une marge), puis réparti.; Paillasse et micropipettes PCR
Matrice de substitution: Table (BLOSUM, PAM) notant la ressemblance des acides aminés dans un alignement de protéines.; Alignement de séquences
Matrice donneuse: ADN modèle portant la modification voulue, encadrée de bras d’homologie, fourni pour l’HDR.; Réparation : NHEJ et HDR
Méiose: Division cellulaire produisant des gamètes haploïdes, support physique des lois de Mendel.; Génétique mendélienne
Micropipette: Instrument à déplacement d’air pour prélever des volumes précis (0,2 µL à 1 mL) ; deux crans d’actionnement.; Paillasse et micropipettes
Miniprep: Extraction de plasmide par lyse alcaline (NaOH/SDS puis neutralisation) et colonne de silice.; Culture et miniprep
Modèle des plus proches voisins: Calcul de la Tm (paramètres SantaLucia 1998) tenant compte de l’empilement de chaque doublet de bases.; PCR
Motif: Court sous-mot recherché dans une séquence (site de restriction, PAM, promoteur), exact ou dégénéré.; Navigateur de séquence
Mutagène: Agent physique ou chimique augmentant la fréquence des mutations (UV, rayonnements, intercalants).; Mutations Règles de sécurité au laboratoire
Mutation: Modification de la séquence de l’ADN, spontanée ou induite ; germinale (transmissible) ou somatique.; Mutations
Mutation faux-sens: Substitution qui remplace un acide aminé par un autre.; Mutations
Mutation germinale: Mutation des cellules reproductrices, transmissible à la descendance.; Mutations Éthique de l'édition du génome
Mutation non-sens: Substitution qui crée un codon stop prématuré, tronquant la protéine.; Mutations
Mutation silencieuse: Substitution qui, par la redondance du code, ne change pas l’acide aminé.; Mutations
Mutation somatique: Mutation d’une cellule non reproductrice, limitée à l’individu (par exemple à l’origine de cancers).; Mutations Éthique de l'édition du génome

N

NanoDrop: Spectrophotomètre micro-volume mesurant concentration et pureté d’un acide nucléique sur 1 à 2 µL.; Quantification au NanoDrop
Needleman-Wunsch: Algorithme d’alignement global (programmation dynamique) comparant deux séquences sur toute leur longueur.; Alignement de séquences
NHEJ: Jonction d’extrémités non homologues : réparation sans matrice, souvent fautive, générant des indels (knock-out).; Réparation : NHEJ et HDR
Noyau: Organite des eucaryotes, entouré d’une enveloppe, qui contient les chromosomes.; De la cellule à l'ADN
NTC (témoin sans matrice): Puits de PCR ou de qPCR contenant tous les réactifs sauf l’ADN. Il doit rester négatif ; un signal révèle une contamination ou des dimères d’amorces.; PCR quantitative Thermocycleur
Nucléosome: Unité de compaction : ≈ 147 pb d’ADN enroulées autour d’un octamère d’histones (H2A, H2B, H3, H4 en double).; De la cellule à l'ADN
Nucléotide: Brique élémentaire des acides nucléiques : un sucre (désoxyribose pour l’ADN), un groupement phosphate et une base azotée.; Structure de l'ADN
Numéro d’accession: Identifiant stable d’une séquence dans une base (par exemple L09137) ; versionné (L09137.2), il désigne une séquence exacte.; Formats FASTA et GenBank

O

Off-target: Coupure hors cible de Cas9 sur un site ressemblant à la cible ; limitée en choisissant un guide spécifique.; Concevoir un ARN guide
ORF: Cadre ouvert de lecture : suite de codons d’un ATG à un stop sans stop intermédiaire ; indice de gène.; Navigateur de séquence
Ouverture numérique: Caractéristique d’un objectif de microscope, gravée sur celui-ci, qui détermine sa résolution : d ≈ 0,61 × λ / ON (critère de Rayleigh).; Microscope

P

Paire de bases (pb): Deux bases complémentaires appariées face à face (A-T ou G-C) ; unité de longueur de l’ADN double brin.; Structure de l'ADN
Palindrome: Séquence identique à son complémentaire inverse (par exemple GAATTC) ; fréquente pour les sites d’enzymes de restriction.; Enzymes de restriction
PAM: Motif court adjacent à la cible, requis par Cas9 (NGG pour SpCas9) ; situé sur le brin non ciblé.; Mécanisme de CRISPR-Cas9
PCR: Amplification exponentielle d’une région d’ADN par cycles de dénaturation, hybridation et élongation ; N = N₀·(1+E)ⁿ.; PCR
Peigne: Pièce en plastique placée dans le gel encore liquide ; une fois retirée, elle laisse les puits où l’on dépose les échantillons.; Préparation du gel
Pente (électrode de pH): Variation de tension de l’électrode par unité de pH, théoriquement 59,16 mV à 25 °C (loi de Nernst). Une pente inférieure à 92 % environ signale une électrode usée.; pH-mètre
Phase exponentielle: Phase de croissance où la population double à intervalle régulier (environ 20 min pour E. coli K-12 dans du LB à 37 °C). C’est le moment idéal pour récolter des cellules compétentes.; Spectro DO600 Incubateur
Phénotype: Ensemble des caractères observables, résultant du génotype et de l’environnement.; Génétique mendélienne
Photoblanchiment: Destruction progressive des fluorophores sous un éclairage intense et prolongé : la fluorescence diminue au fil de l’observation.; Microscope
Pipetage inverse: Technique pour liquides visqueux ou moussants : aspirer au second cran, distribuer au premier.; Paillasse et micropipettes
Plasmide: Petit ADN circulaire indépendant du chromosome, réplicable de façon autonome ; outil de clonage.; Clonage dans pUC19
Plateau: Phase finale d’une amplification où la quantité de produit n’augmente plus, car les réactifs s’épuisent et les produits se réhybrident entre eux.; Thermocycleur PCR quantitative
Poste de sécurité microbiologique (PSM): Enceinte à flux d’air stérile protégeant l’échantillon (et parfois l’opérateur des aérosols) ; n’évacue pas les vapeurs chimiques.; Règles de sécurité au laboratoire Clonage dans pUC19
Précipitation à l’éthanol: Agrégation de l’ADN par ajout de sel (Na⁺ 0,3 M) et de 2 à 2,5 volumes d’éthanol, suivie d’une centrifugation.; Extraction d'ADN
Premier cran: Première butée du piston d’une micropipette. Il correspond exactement au volume affiché : on l’utilise pour aspirer et pour distribuer.; Micropipettes Paillasse et micropipettes
Premier et second cran: Butées du piston d’une pipette : aspirer au premier cran (volume réglé), distribuer jusqu’au second (purge).; Paillasse et micropipettes
Procaryote: Organisme sans noyau (bactéries, archées) ; ADN souvent circulaire dans le nucléoïde.; De la cellule à l'ADN
Programmation dynamique: Méthode remplissant une matrice de sous-scores pour trouver l’alignement optimal sans tout énumérer.; Alignement de séquences
Promoteur: Séquence d’ADN en amont d’un gène où se fixe la machinerie de transcription pour l’initier.; Réplication, transcription, traduction Clonage dans pUC19
Protéinase K: Protéase robuste, active en présence de SDS et d’EDTA, qui digère les protéines lors de l’extraction d’ADN.; Extraction d'ADN
Protéine: Polymère d’acides aminés replié en une structure fonctionnelle ; produit de la traduction.; Réplication, transcription, traduction
Protoespaceur: Les 20 nt de la cible dans l’ADN, immédiatement suivis du PAM.; Mécanisme de CRISPR-Cas9
pUC19: Plasmide de clonage de 2 686 pb : origine pMB1 (haut nombre de copies), gène bla (AmpR) et lacZα avec site de clonage multiple.; Clonage dans pUC19
Purine: Base à deux cycles : adénine (A) et guanine (G).; Structure de l'ADN
Pyrimidine: Base à un cycle : cytosine (C), thymine (T) et uracile (U).; Structure de l'ADN

Q

qPCR: PCR quantitative en temps réel mesurant la fluorescence à chaque cycle pour estimer la quantité initiale d’ADN.; PCR quantitative

R

Rampe: Vitesse de changement de température d’un thermocycleur, en °C/s. On la ralentit pour certaines réhybridations, comme avant le test T7E1.; Thermocycleur Génotyper les clones
Ratio 260/230: Indicateur de pureté : ≈ 2,0–2,2 attendu ; bas = sels chaotropiques, phénol, glucides.; Quantification au NanoDrop
Ratio 260/280: Indicateur de pureté : ≈ 1,8 pour un ADN pur, ≈ 2,0 pour l’ARN ; bas = protéines ou phénol.; Quantification au NanoDrop
RCF (force centrifuge relative): Accélération subie par l’échantillon dans une centrifugeuse, exprimée en multiples de la gravité (× g). RCF = 1,118 × 10⁻⁵ × r (cm) × N² (N en tr/min).; Centrifugeuse
Récessif: Allèle qui ne s’exprime que chez l’homozygote.; Génétique mendélienne
Recombineering λ-Red: Système de recombinaison homologue (Exo, Beta, Gam du phage λ) permettant l’édition d’E. coli, qui n’a pas de NHEJ.; Réparation : NHEJ et HDR
Région graine: 10 à 12 nt du guide proches du PAM ; un mésappariement y abolit presque la coupure.; Mécanisme de CRISPR-Cas9 Concevoir un ARN guide
Règles de Chargaff: Dans un ADN double brin, %A = %T et %G = %C, car chaque base s’apparie à sa complémentaire.; Structure de l'ADN
Réplication: Copie semi-conservative de l’ADN avant la division ; chaque brin sert de matrice.; Réplication, transcription, traduction
Ribosome: Complexe ARN-protéines qui traduit l’ARNm ; ribozyme (son ARN catalyse la liaison peptidique).; Réplication, transcription, traduction
RNP: Ribonucléoprotéine Cas9-sgRNA préassemblée, à action brève, qui réduit les coupures hors cible.; Expérience complète : éteindre la GFP
Ruban indicateur: Ruban adhésif dont les rayures se colorent lorsque la température de stérilisation a été atteinte. Il prouve qu’un objet est passé à l’autoclave, sans garantir à lui seul la stérilité.; Autoclave

S

Score Phred: Score de qualité d’une base séquencée, Q = −10 × log₁₀(P), où P est la probabilité d’erreur. Q20 : 1 erreur sur 100 ; Q30 : 1 erreur sur 1 000.; Séquenceur Séquençage Sanger
Score Phred (Q): Qualité d’une base : Q = −10·log₁₀(P) ; Q20 = 1 % d’erreur, Q30 = 0,1 %.; Séquençage Sanger
SDS: Détergent anionique qui solubilise les membranes et dénature les protéines.; Extraction d'ADN Culture et miniprep
Second cran (purge): Seconde butée du piston, au-delà du premier cran. Elle chasse la dernière goutte restée dans le cône lors de la distribution ; on ne l’utilise jamais pour aspirer.; Micropipettes Paillasse et micropipettes
Séquençage Sanger: Lecture d’une séquence par terminaison de chaîne avec des ddNTP fluorescents, séparés par électrophorèse capillaire.; Séquençage Sanger
Site de clonage multiple (MCS): Courte région d’un vecteur regroupant de nombreux sites de restriction uniques, ici dans le gène lacZα de pUC19.; Clonage dans pUC19
Site de restriction: Séquence reconnue par une enzyme de restriction (par exemple GAATTC pour EcoRI).; Enzymes de restriction
Smith-Waterman: Algorithme d’alignement local : isole la région la plus semblable ; scores bornés à 0.; Alignement de séquences
SOC: Milieu de culture riche dans lequel on reprend les bactéries juste après une transformation, pour qu’elles récupèrent et expriment leur gène de résistance (environ 1 h à 37 °C).; Électroporateur Clonage dans pUC19
Sorbonne: Hotte à évacuation de vapeurs protégeant l’opérateur des produits chimiques volatils (phénol, chloroforme) ; distincte du poste microbiologique.; Règles de sécurité au laboratoire
Spectrophotométrie: Mesure de l’absorbance d’une solution à une longueur d’onde donnée ; loi de Beer-Lambert A = ε·l·c.; Quantification au NanoDrop
Squelette sucre-phosphate: Chaîne alternant sucres et phosphates, chargée négativement, qui porte les bases d’un brin d’ADN.; Structure de l'ADN Électrophorèse sur gel d'agarose
Stock glycérolé: Culture bactérienne additionnée de 15 à 25 % de glycérol et conservée à −80 °C. Le glycérol protège les cellules des cristaux de glace.; Stockage Culture et miniprep
Substitution: Remplacement d’une base par une autre ; transition (purine↔purine, pyrimidine↔pyrimidine) ou transversion.; Mutations
Surenroulé: Forme compacte d’un plasmide circulaire intact qui migre plus vite que la forme linéaire sur gel.; Culture et miniprep Électrophorèse sur gel d'agarose
Surnageant: Liquide situé au-dessus du culot après centrifugation.; Extraction d'ADN Culture et miniprep
SYBR Green: Agent intercalant fluorescent de l’ADN double brin utilisé en qPCR ; impose de vérifier la courbe de fusion.; PCR quantitative
SYBR Safe: Colorant d’ADN moins dangereux que le BET, visible sous lumière bleue (évite les UV).; Électrophorèse sur gel d'agarose

T

Tampon de charge: Solution de glycérol et de colorants qui alourdit l’échantillon et suit sa migration dans le gel.; Électrophorèse sur gel d'agarose
Tampon TAE / TBE: Solutions tampons (Tris-acétate-EDTA ou Tris-borate-EDTA) qui conduisent le courant et maintiennent le pH vers 8 pendant l’électrophorèse. Le gel et la cuve contiennent le même tampon.; Préparation du gel Électrophorèse pH-mètre
Taq polymérase: ADN polymérase thermostable de Thermus aquaticus (≈ 1 kb/min), sans relecture ; outil de base de la PCR.; PCR
Télomère: Extrémité répétée et protectrice d’un chromosome linéaire ; se raccourcit à chaque division.; De la cellule à l'ADN
Témoin négatif: Réaction sans matrice (eau) servant à détecter une contamination ; doit rester sans produit.; PCR PCR quantitative
Température d’hybridation: Température de l’étape de la PCR où les amorces se fixent sur la matrice, choisie quelques degrés sous leur Tm. Trop basse : produits non spécifiques ; trop haute : pas de produit.; Thermocycleur PCR
Temps de génération: Durée d’un doublement de la population ; ≈ 20–30 min pour E. coli K-12 en LB à 37 °C.; Culture et miniprep
Teneur en GC: Pourcentage de bases G et C d’une séquence ; influence la Tm et le comportement en PCR et en électrophorèse.; PCR
Test du χ²: Test statistique comparant des effectifs observés et attendus : χ² = Σ (O − E)² / E, comparé à un seuil selon les degrés de liberté.; Génétique mendélienne
Test T7E1: Génotypage par l’endonucléase T7E1 qui coupe les hétéroduplex ; indel % = 100 × (1 − √(1 − fraction clivée)).; Génotyper les clones
Thermocycleur: Appareil enchaînant des cycles de température pour la PCR et l’étape de réhybridation du test T7E1.; PCR Génotyper les clones
TIDE: Déconvolution d’une trace Sanger d’une population éditée pour estimer le pourcentage et le spectre des indels.; Génotyper les clones
Tm (température de fusion): Température à laquelle la moitié des duplex d’ADN sont dénaturés ; augmente avec la teneur en G-C et la concentration en sels.; PCR
Traduction: Synthèse d’une protéine par le ribosome qui lit les codons de l’ARNm, du start AUG au codon stop.; Réplication, transcription, traduction
Transcriptase inverse: Enzyme qui synthétise de l’ADN à partir d’un ARN (rétrovirus, RT-PCR, prime editing).; Réplication, transcription, traduction PCR quantitative
Transcription: Synthèse d’un ARN complémentaire du brin matrice d’un gène par l’ARN polymérase, à partir d’un promoteur.; Réplication, transcription, traduction
Transfection: Introduction d’acides nucléiques ou d’une RNP dans des cellules eucaryotes (lipofection, électroporation).; Expérience complète : éteindre la GFP
Transformation: Entrée d’ADN dans une bactérie compétente (choc thermique à 42 °C ou électroporation).; Clonage dans pUC19
Transilluminateur: Appareil révélant les bandes d’ADN colorées sous UV (≈ 300 nm) ou lumière bleue ; protection obligatoire contre les UV.; Électrophorèse sur gel d'agarose Règles de sécurité au laboratoire

V

Vecteur: ADN porteur (plasmide…) servant à propager un fragment inséré dans une cellule hôte.; Clonage dans pUC19

X

X-gal: Substrat chromogène clivé par la β-galactosidase en un produit bleu insoluble ; base du criblage bleu/blanc.; Clonage dans pUC19

Z

Zone stérile: Espace de travail (bec Bunsen, PSM) maintenu propre pour éviter les contaminations lors des manipulations de cultures.; Clonage dans pUC19 Culture et miniprep

Α

α-complémentation: Reconstitution d’une β-galactosidase active par le peptide lacZα (vecteur) et la protéine lacZΔM15 de la souche DH5α.; Clonage dans pUC19

Δ

ΔΔCt: Méthode de quantification relative (Livak) : rapport = 2^(−ΔΔCt), après normalisation par un gène de référence.; PCR quantitative